El Convento de San Francisco de Puebla, conocido como de las llagas, se construyó a la vera del Camino Real a Veracruz (Av. 14 Oriente) y el Río de San Francisco (Blvd. 5 de Mayo). Es al Oriente de la ciudad, fuera de la traza urbana del siglo XVI, junto a la gran Plaza del Alto del barrio indígena de origen tlaxcalteca y a un lado del Estanque de los Pescaditos, propiedad del conquistador García de Aguilar.
El convento data de la década de 1550, con una primera iglesia que sería remplazada por la que hoy conocemos. Esta se edificó con cantera extraída del vecino cerro de San Cristóbal, donde se encuentran emplazados los fuertes de Loreto y Guadalupe.
El coro y las capillas fueron trazados y hechos entre 1574 y 1579 por el arquitecto Francisco Becerra, el mismo que había trazado y abierto los cimientos de la catedral angelopolitana.
Este primitivo convento contaba con iglesia, enfermería, dos claustros bajos y dos altos, dormitorios, celdas, huerta y fuente de agua. Lo habitaban alrededor de cuarenta frailes y contaba con un buen estudio de artes para los novicios. Durante el siglo XVII se continuó embelleciendo el convento y la iglesia, enladrillando las bóvedas, instalando puertas de madera entableradas, enrejando la capilla mayor, enlozando sus pisos, revistiendo de azulejos las paredes exteriores y decorando con numerosos y ricos retablos de madera tallada, dorada y estofada que, al paso inevitable del tiempo y modas estilísticas, se irían perdiendo irremisiblemente.
La iglesia, de grandes dimensiones, es una sola nave, con su puerta principal al poniente y el testero al oriente, de planta semicircular.
El exterior del templo está reforzado por contrafuertes cuadrados y un pretil que remata la planta alta.
La portada principal, decorada con azulejos poblanos y un soberbio retablo de cantería, data del siglo XVIII. La lateral es la más antigua de la ciudad; data del siglo XVI. Ambas son de gran significación y belleza.
Los claustros que se ubicaban hacia el sur de la iglesia han desaparecido. De las capillas que se fueron adicionando al templo a partir del siglo XVII se conservan varias, entre ellas está la dedicada a la Virgen “La Conquistadora”, pequeña imagen estofada del siglo XV dada por el conquistador Hernán Cortés a su aliado tlaxcalteca Gonzalo Axotecatl, en reconocimiento a su valiosa ayuda en la conquista del imperio azteca. En esa misma capilla se venera el cuerpo incorrupto del beato fray Sebastián de Aparicio.
Las huertas del convento franciscano fueron enajenadas por el gobierno en 1857, fraccionadas en lotes y vendidas a particulares, que establecieron ahí algunas factorías industriales, Hoy forman parte del centro de convenciones, instalaciones comerciales y culturales.
