La ubicación del convento en el cerro de San Miguel en Atlixco se explica porque los religiosos quisieron alejarse de los mosquitos que en la parte baja se encontraban; otra razón fue que quisieron tener a los indígenas agrupados y controlados.
La primera parte de la construcción estuvo a cargo del fraile Toribio de Benavente “Motolinía”. La traza arquitectónica estuvo a cargo del Fraile Juan de Alameda.
Aunque se le conoce con el nombre de San Francisco realmente se llama Convento de Santa María de Jesús.
Se compone de un templo, claustro alto y bajo, dormitorios y huerta, con una sola arcada de ingreso formada por dos vanos con arcos de medio punto. El atrio del convento es de tamaño reducido y de forma irregular, determinado por la naturaleza misma del terreno, circundado por una barda que no es la original, donde se alterna con el nicho para la oración del Vía crucis.
La fachada del templo está flaqueada por contrafuertes escalonados dispuestos en ángulo, y la portada constituida por dos cuerpos rectangulares estilo mudéjar, con ricas jambas estilo gótico.
El segundo cuerpo está compuesto por una ventana coral, medallones que contienen los anagramas de Cristo y de María, con el escudo franciscano con las cinco llagas, una línea de cruces de tipo griego de brazos iguales.
A la iglesia se entra por la puerta de madera que aun conserva la clavazón original de flores. El interior es una espléndida nave típica de las construcciones franciscanas del siglo XVI, con bóveda de nervaduras en las cuales los dos primeros tramos tienen un dibujo idéntico, el tercero más complicado y diferente al del presbiterio, y este último dividido por la nave por un arco triunfal.
El coro está sostenido por una bóveda muy rebajada, rehecho en el siglo XIX. El retablo mayor es espléndido y está compuesto por basamento y dos cuerpos que son el remate con pinturas en talla dorada con temas marianos.
El claustro es pequeño, de tres por tres arcos en la parte baja y número igual en la parte alta. Los arcos están muy rebajados y descansan sobre columnas prismáticas de sección octagonal. Al centro del patio hay una fuente del siglo XVIII.
En las paredes del claustro hay frescos con la oración del huerto y la flagelación de Cristo. Sobre los arcos hay flores y pájaros. El claustro alto tiene cuatro pinturas en tonos suaves azules, ocres, rosas y verdes.
En la antigua huerta hay una pequeña capilla cupular con portada barroca del siglo XVIII, en argamasa coronada por dos leones que dan la impresión de que están bailando.
La sacristía del siglo XVIII tiene puerta en argamasa estilo barroco. En la parte baja de la sacristía hay una capilla abovedada con pinturas de los cuatro evangelistas en las pechinas que se realizaron en el año de 1733, entre los cuales el más notable es San Juan, con una figura de águila.
Los elementos mejor conservados corresponden al segundo periodo de construcción, de 1560 a 1620. (Con información proporcionada por la Dirección de Turismo del Ayuntamiento de Atlixco).
